Rozpatrzenie wniosku następuje w terminie 30 dni od daty złożenia kompletnego wniosku, po wcześniejszym sprawdzeniu pod względem rachunkowym i formalnym.
Prezydent, rozpatrując wniosek, bierze pod uwagę:
1.    wysokość posiadanych środków PFRON przeznaczonych na ten cel w danym roku,
2.    okres prowadzenia działalności oraz doświadczenie pracodawcy w zakresie zatrudniania osób niepełnosprawnych,
3.    wysokość przewidywanych kosztów szkolenia.
W przypadku negatywnego rozpatrzenia wniosku sporządza się uzasadnienie, natomiast w przypadku pozytywnego rozpatrzenia wniosku, pracodawca dostaje pisemną informację oraz wezwanie do negocjacji warunków umowy.
Negocjacje powinny zakończyć się w terminie 14 dni od daty doręczenia wezwania.
Refundacja
W terminie 14 dni od zakończenia negocjacji zawierana jest umowa z pracodawcą, w której określa się szczegółowe warunki m.in.:
1.    termin przekazania i wysokość refundacji ustalonej w wyniku negocjacji,
2.    liczbę osób niepełnosprawnych, które zostały skierowane na szkolenie,
3.    możliwość zweryfikowania przez Prezydenta prawidłowości wykonywania warunków umowy przez Pracodawcę,
4.    zobowiązanie Pracodawcy do umożliwienia wykonania przez Prezydenta czynności weryfikacyjnych realizacji warunków umowy.
Prezydent przekazuje refundację na rachunek bankowy wskazany we wniosku w terminie 14 dni od dnia przedstawienia przez pracodawcę dokumentów potwierdzających poniesienie kosztów.
Pracodawca uzyskuje informację o numerze referencyjnym programu pomocowego, na podstawie którego refundacja jest udzielana.
Przedsiębiorca korzystający z refundacji jest zobowiązany do przechowywania dokumentacji pozwalającej na sprawdzenie zgodności przyznanej pomocy z przepisami rozporządzenia przez okres 10 lat od dnia przyznania pomocy.