W terminie 14 dni od zakończenia negocjacji zawierana jest umowa z pracodawcą, w której określa się szczegółowe warunki dotyczące m.in. terminu poniesienia kosztów na wyposażenie stanowiska pracy, zatrudnienia osoby niepełnosprawnej, sposobu rozliczenia i wypłaty refundacji.
Refundację przekazuje Prezydent na rachunek bankowy pracodawcy po przedstawieniu:

• kopii umowy o pracę zawartej z osobą niepełnosprawną zatrudnioną na refundowanym stanowisku,
• orzeczenia potwierdzającego niepełnosprawność tej osoby,
• zestawienia poniesionych kosztów podlegających refundacji,
• kopii dowodów ich poniesienia w terminie 7 dni od daty poniesienia ostatniego z tych kosztów

oraz po uzyskaniu pozytywnej opinii Państwowej Inspekcji Pracy wydanej na wniosek Prezydenta odpowiednio o przystosowaniu do potrzeb wynikających z niepełnosprawności osoby zatrudnionej na wyposażonym stanowisku pracy lub o spełnieniu warunków bezpieczeństwa i higieny pracy na tym stanowisku.