Wniosek rozpatrywany jest w ciągu 30 dni od daty jego złożenia wraz z kompletem wymaganych załączników.
W przypadku negatywnego rozpatrzenia wniosku sporządza się uzasadnienie, natomiast w przypadku pozytywnego rozpatrzenia wniosku przeprowadzane są z pracodawcą negocjacje w zakresie warunków zwrotu kosztów przewidzianych do uwzględnienia w umowie, którą zawiera się w terminie 14 dni od zakończenia negocjacji.
Zwrot kosztów następuje na podstawie umowy cywilno-prawnej zawartej przez Prezydenta i pracodawcę, w której w przypadku:
– zwrotu kosztów zatrudnienia pracownika pomagającego pracownikowi niepełnosprawnemu określa się liczbę godzin przeznaczanych miesięcznie przez zatrudnionego pracownika na pomoc pracownikowi niepełnosprawnemu,
– zwrotu kosztów szkolenia pracowników pomagających pracownikowi niepełnosprawnemu określa się zakres, temat, termin i czas trwania szkolenia oraz imiona i nazwiska osób, które zostały  skierowane na szkolenie.
Zwrotowi mogą podlegać wyłącznie koszty wymienione w umowie poniesione przez pracodawcę po dniu podpisania umowy.
Uruchomienie środków PFRON następuje w terminie 14 dni po przedłożeniu Prezydentowi stosownych do przedmiotu umowy dokumentów:
–  w przypadku zwrotu kosztów zatrudnienia pracownika pomagającego pracownikowi niepełnosprawnemu wniosek Wn-KZ (część III, blok D)  w terminie do 20 dnia miesiąca następującego po miesiącu, za które wypłacono wynagrodzenie wraz z dowodem wypłaty wynagrodzenia pracownika pomagającego pracownikowi niepełnosprawnemu w pracy,
– w przypadku zwrotu kosztów szkolenia pracownika pomagającego pracownikowi niepełnosprawnemu wniosek Wn-KZ (część IV, blok D) w terminie do 20 dnia miesiąca następującego po miesiącu, w którym poniesiono całkowity koszt szkolenia wraz z kopią dokumentu potwierdzającego ukończenie szkolenia.
Pracodawca będący stroną umowy dodatkowo przedkłada Prezydentowi:
•    umowę o pracę  i orzeczenie o niepełnosprawności osoby niepełnosprawnej
•    umowę o pracę  i zakres obowiązków pracownika pomagającego pracownikowi niepełnosprawnemu
•    zaświadczenie o zasadności udzielenia pomocy pracownikowi niepełnosprawnemu wydane przez lekarza sprawującego profilaktyczną opiekę zdrowotną nad pracownikiem
Pracodawca wykonujący działalność gospodarczą informowany jest o numerze referencyjnym programu pomocowego, na podstawie którego jest udzielany zwrot kosztów.
Pracodawca jest zobowiązany do przechowywania dokumentacji pozwalającej na sprawdzenie zgodności przyznanej pomocy z przepisami przez okres 10 lat od dnia przyznania pomocy.